Αφού αποδοθεί ο ρόλος του Διαχειριστή Στοχοθεσίας Φορέα, σύμφωνα με τη διαδικασία η οποία περιγράφεται στην ερώτηση 2, πρέπει να γίνει η καταχώριση των αρχικών/ στρατηγικών στόχων. Δηλαδή, ο Διαχειριστής Στοχοθεσίας Φορέα θα πρέπει να καταχωρίσει τους στρατηγικούς στόχους οι οποίοι θα αποδίδονται σε μία μόνο οργανική μονάδα, τη λεγόμενη μονάδα Υψηλού Επιπέδου, η οποία δεν έχει ανώτερη από αυτήν οργανική μονάδα στο ψηφιακό οργανόγραμμα που δεν εξαιρείται από τη στοχοθεσία του φορέα. Για την αναλυτικότερη περιγραφή της διαδικασίας καταχώρισης στρατηγικών στόχων, δείτε και τη σχετική Ενότητα 6 του Εγχειριδίου.