Οι Διαχειριστές Στοχοθεσίας Φορέα (οι οποίοι προτείνεται να είναι από 1 έως 3 σε κάθε φορέα) έχουν τις εξής αρμοδιότητες:
• Διαχείριση Έργων Φορέα
• Διαχείριση Εξαιρούμενων Μονάδων
• Αρχικοποίηση Διαδικασιών Στοχοθεσίας Φορέα
• Απόδοση Στρατηγικών Στόχων
• Διαχείριση Στοχοθεσίας Μονάδων
• Οριστικοποίηση Στοχοθεσίας Φορέα